Nyiramasuhuko đã bị xử tại Tòa án Hình sự Quốc tế về Rwanda (ICTR) 2001-2011. Bà là phụ nữ đầu tiên bị tòa án quốc tế xét xử vì tội diệt chủng[1]. Bà bị kết án ngày 9 tháng 8 năm 1999 về các tội: âm mưu diệt chủng, diệt chủng, đồng loã trong tội ác diệt chủng, kích động trực tiếp và công khai để phạm tội diệt chủng, tội ác chống lại nhân loại, và vi phạm Điều 3 chung cho các Công ước Geneva và nghị định thư bổ sung 3[12]. Bà không nhận tội cho tất cả các cáo buộc[13]. Nyiramasuhuko bị xử ở Phòng II với năm người khác như một phần của "Trial Butare", tại bắt đầu vào năm 2001, bao gồm số lượng cao nhất của bị cáo được xét xử trong cùng liên quan đến việc diệt chủng Rwanda[14]. Con trai của cô, Arsène Shalom Ntahobali, là một trong các đồng bị cáo và bị cáo buộc có dẫn lực lượng Interahamwe. Kết thúc tranh luận về vụ Butare được nghe 01 tháng 5 năm 2009[13] Theo công tố viên Holo Makwaia, Nyiramasuhuko đã có ý định "tiêu diệt toàn bộ hoặc một phần các nhóm sắc tộc Tutsi trong Butare"[11].

Vào ngày 24 tháng 6 năm 2011, Nyiramasuhuko bị kết tội trong bảy cáo buộc bao gồm cả tội diệt chủng và kích động hiếp dâm[11]; bà đã bị kết án tù chung thân và sẽ không đủ điều kiện để nộp đơn xin tạm tha cho 25 năm[15] Cô đã được tuyên bố vô tội trong ba cáo buộc thêm. phí[11] Mặc dù những phụ nữ khác đã bị kết án diệt chủng của tòa án Rwanda, Nyiramasuhuko là người phụ nữ đầu tiên được bị ICTR kết án. Con trai của bà cũng bị kết án và bị kết án cuộc sống không có khả năng phóng thích. Bốn quan chức khác xét xử đã nhận bản án 25 năm tù[16].